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Équipe : Génomes et Polymorphismes

Contact : Gilles VERGNAUD

Chercheur DGA/DEC/CEB - Responsable d’équipe

Équipe : Génomes, Polymorphismes et MiniSatellites

Tél : 01 69 15 62 08
Email : gilles.vergnaud(AT)u-psud.fr

Bât. 400, pièce n°204

Membres de l’équipe

Gilles VERGNAUD, Ph.D. ICA, DGA/MRIS
Christine POURCEL, Dr es Sci, Responsable de projet
Philippe LE FLÈCHE, Ingénieur d’Études, DGA
Yolande HAUCK, Assistante Ingénieur, Université Paris-Sud 11
Christiane ESSOH, Doctorante en co-tutelle
Yann BLOUIN, Doctorant
Christophe TOURTEREL, Ingénieur Études, UPS

Projets

L’équipe travaille sur la microévolution de différentes bactéries pathogènes pour l’homme en utilisant différentes technologies d’analyse de marqueurs moléculaires (http://minisatellites.u-psud.fr) y compris les nouvelles technologies de séquençage.

Ces études sont essentielles pour analyser des évènements épidémiques, suivre l’émergence de variants au sein d’une espèce bactérienne pathogène et identifier le plus précocement possible l’origine de contaminations nosocomiales, l’apparition de résistances à des mesures prophylactiques (vaccins) ou thérapeutiques (antibiotiques), etc.

Les bactéries pathogènes constituent également des modèles très puissant pour des études fondamentales de génétique des populations microbiennes.
Bien que nous nous occupions essentiellement de bactéries pathogènes chez l’Homme, le champ d’investigation est large : la problématique est la même pour des pathogènes de plantes ou d’animaux, et le besoin de typage de microorganismes est également présent par exemple dans le domaine agroalimentaire, pour l’identification de souches d’intérêt industriel.

Ce travail peut être réalisé grâce à des collaborations notamment avec des équipes de bactériologie clinique (par exemple, avec des équipes médicales des hôpitaux parisiens Trousseau et R. Debré nous effectuons un suivi des infections à Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus chez des enfants atteints de mucoviscidose). Les questions plus théoriques portent sur la façon dont les données de génotypage peuvent être utilisées. Une particularité des répétitions en tandem par exemple est que différents locus n’évoluent en général pas au même rythme, si bien que différents marqueurs peuvent permettre d’étudier différentes questions épidémiologiques et phylogénétiques. C’est ainsi que nous utilisons la diversité des répétitions en tandem pour comprendre l’évolution de Legionella pneumophila (en collaboration avec des laboratoires Anglais et Italien) et celle de Yersinia pseudotuberculosis et Y. pestis (en collaboration avec des laboratoires Chinois et Russe).

Un second domaine d’investigation est l’étude des locus CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). L’hypothèse actuelle concernant ces structures est qu’elles constituent un système de protection du microorganisme qui en possède, contre une agression par des éléments mobiles (tels que par exemple des phages). Le mécanisme à l’œuvre serait un système d’interférence à micro-ARN. Le locus serait transcrit, coupé en micro-ARN contenant chacun une étiquette d’une trentaine de paires de bases susceptible d’interférer avec l’expression d’un élément génétique étranger. Ce domaine est récent et notre groupe a d’une part montré comment évolue une structure CRISPR (acquisition polarisée d’éléments nouveaux, perte aléatoire d’éléments anciens), et d’autre part suggéré le rôle protecteur de ce locus qui a été confirmé depuis.

Notre intérêt pour les CRISPR nous conduit actuellement à travailler également sur les bactériophages, leur diversité et leur spécificité d’hôte.

Les travaux menés au laboratoire sur l’ADN de souches de différentes espèces produisent des données, ou requièrent des développements, qui nécessitent la mise en place d’outils bioinformatiques que nous rendons ensuite accessibles à la communauté via nos serveurs internet.

Mots-clés : minisatellites, bactéries pathogènes, maladies infectieuses, épidémiologie, base de données, répétitions en tandem, polymorphisme, génomique, évolution, phylogénie bactérienne, phages, phagothérapie, CRISPR

Liens associés :
http://mlva.u-psud.fr (site dédié au génotypage)
http://crispr.u-psud.fr (la base CRISPR)
http://minisatellites.u-psud.fr (le portail de l’équipe)

 

Nos dernières publications


PLoS One. 2013;8(4):e60575
The Susceptibility of Pseudomonas aeruginosa Strains from Cystic Fibrosis Patients to Bacteriophages. Authors: Essoh C, Blouin Y, Loukou G, Cablanmian A, Lathro S, Kutter E, Thien HV, Vergnaud G, Pourcel C [PubMed]

Genome Announc. 2013;1(2)
Draft Genome Sequences of Five Yersinia pseudotuberculosis ST19 Isolates and One Isolate Variant. Authors: Platonov ME, Blouin Y, Evseeva VV, Afanas'ev MV, Pourcel C, Balakhonov SV, Vergnaud G, Anisimov AP [PubMed]