Présentation de l’IGMContact : Marie-Claude SERRE
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Chercheur CNRS - Responsable d’équipe Équipe : Virologie Moléculaire des Extrémophiles Tél : 01 69 15 46 19 Bât. 409, pièce n°001 |
Composition du groupe
Marie-Claude SERRE, CR, CNRS
Julie NEVEU, Assistante-Ingénieur CNRS, ACMO
Corinne SAULNIER, Technicienne, Université Paris-Sud 11
Perspectives & projets
Les différents projets de l’équipe sont basés sur l’étude de la recombinaison spécifique de site, d’un point de vue fondamental en analysant les propriétés enzymatiques d’une tyrosine-recombinase d’archae ainsi que le rôle tenu par ce mode de recombinaison dans le cycle viral de SSV1, mais également d’un point de vue plus appliqué, en participant au développement d’outils pour la transgenèse chez les mammifères basés sur l’utilisation de recombinases spécifiques de site d’origine procaryotes.
Rôle de la recombinaison spécifique de site dans le cycle viral de SSV1
Nous voulons évaluer le rôle de l’intégration dans le maintien du virus sous forme stable en replaçant des mutations inactivant soit l’intégrase soit le site viral de recombinaison dans le génome de SSV1. L’étude de ces virus recombinants réintroduits dans S. solfataricus nous permettra de déterminer si l’intégration du génome viral dans celui de son hôte est essentielle au maintien et à l’amplification du virus.
Nous recherchons des cofacteurs de la réaction d’intégration, par le biais d’interactions entre ADN, intégrase de SSV1 et protéines virales ou cellulaires.
En collaboration avec Qunxin She (Université de Copenhague, Danemark) nous cherchons à identifier le ou les domaines de l’intégrase impliqués dans la reconnaissance des sites spécifiques de recombinaison. Bien que présentant une très forte similitude, les intégrases des virus SSV1 et SSV2 catalysent l’intégration virale à des sites différents dans le génome de leur hôte. Nous avons produit différentes protéines chimères entre les deux intégrases et analyserons leur activité et leur spécificité de reconnaissance in vitro et in vivo pour les chimères présentant une spécificité croisée. L’identification et l’étude du domaine responsable du ciblage d’intégration devrait nous permettre de générer des intégrases ayant une nouvelle spécificité d’intégration permettant de développer une ‘gamme’ de vecteurs intégratifs chez Sulfolobus.
Outre le rôle de l’intégration dans le cycle viral, nous cherchons à évaluer le rôle des différentes protéines codées par le virus SSV1. En effet, sur les 34 protéines potentiellement produites par SSV1 seules 4 ont une fonction identifiée. Par ailleurs, l’analyse comparative des différents génomes de fusellovirus montre que seules 18 ORFs (dont l’intégrase) sont communes à tous ces virus, suggérant que les protéines correspondantes assurent les fonctions minimales essentielles au développement viral. Chacune de ces ORF sera spécifiquement délétée par ‘SOE-PCR’. L’effet de l’inactivation de chaque ORF sera évalué en prenant en compte différentes étapes du développement viral (stabilité du génome dans la cellule hôte, production de particules virales, infectivité…). Nous espérons ainsi définir la fonction de ces protéines qui n’ont pour l’heure aucun homologue dans le vivant.
Mots-clés : Virus, Hyperthermophiles, Archaea, Recombinases spécifiques de site, Topoisomérases
Quelques publications
Cortez D, Quevillon-Cheruel S, Gribaldo S, Desnoues N, Sezonov G, Forterre P, Serre MC, (2010), Evidence for a Xer/dif System for Chromosome Resolution in Archaea, PLoS Genet 6(10) : e1001166. doi:10.1371/journal.pgen.1001166
Bouthier de la Tour C, Amrani L, Cossard R, Neuman K, Serre MC and Duguet M, (2008), Mutational analysis of the helicase-like domain of Thermotoga maritima reverse gyrase, J Biol Chem 283(41) : 27395-402
Forterre P, Gribaldo S, Gadelle D and Serre M-C, (2007), Origin and evolution of DNA topoisomerases, Biochimie, 89 : 427-446
Duguet M, Serre M-C and Bouthier de la Tour C, (2006), A universal type IA topoisomerase fold, J. Mol. Biol., 359 : 805-812
Rouquette C, Serre M-C and Lane D, (2004), A protective role for H-NS protein in IS1 transposition, J. Bacteriol., 186 : 2091-2098
Letzelter C, Duguet M and Serre M-C, (2004), Mutational analysis of the archaeal tyrosine recombinase IntSSV suggests a mechanism of DNA cleavage in trans, J. Biol. Chem., 279 : 28936-28944