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Equipe : Séquence, Structure et Fonction des ARN

Contact : Daniel GAUTHERET
Tél : 01 69 15 46 32
Email : daniel.gautheret(AT)igmors.u-psud.fr

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Projets

Notre équipe étudie les relations structure-fonction dans les ARN non codants (ARNnc). Ces ARN très diversifiés sont impliqués dans de multiples aspects de l’expression et de la régulation des gènes. Ils peuvent s’exprimer sous forme de gènes indépendants (ARNt, ARNr) être synthétisés à partir d’autre gènes (miRNA), ou bien fonctionner en tant que partie des ARN messagers (riboswitches). Notre laboratoire s’intéresse à différents aspects du monde des ARNnc. Nous développons des outils bioinformatiques et des approches innovantes pour l’identification des ARNnc dans les séquences génomiques. Nous étudions également les variations des régions non codantes des ARNm et participons aux projets de cartographie des variants de transcription (initiation, épissage, polyadenylation) dans les génomes.

Mots-clés : ARN non codant, bioinformatique, structure des ARN, annotation des gènes, régulation post-transcriptionnelle

Publications récentes

Chen CJ, Liu Q, Zhang YC, Qu LH, Chen YQ and Gautheret D, (2011), Genome-wide discovery and analysis of microRNAs and other small RNAs from rice embryogenic callus, RNA Biol, 8(3)

Chen CJ, Zhou H, Chen YQ, Qu LH and Gautheret D, (2011), Plant noncoding RNA gene discovery by "single-genome comparative genomics", RNA, 17(3):390-400

Marchais A, Duperrier S, Durand S, Gautheret D and Stragier P, (2011), CsfG, a sporulation-specific, small non-coding RNA highly conserved in endospore formers, RNA Biol, 8(3)

Naville M, Ghuillot-Gaudeffroy A, Marchais A and Gautheret D, (2011), ARNold : A web tool for the prediction of Rho-independent transcription terminators, RNA Biol, 8(1)

Bohn C, Rigoulay C, Chabelskaya S, Sharma CM, Marchais A, Skorski P, Borezee-Durant E, Barbet R, Jacquet E, Jacq A, Gautheret D, Felden B, Vogel J and Bouloc P, (2010), Experimental discovery of small RNAs in Staphylococcus aureus reveals a riboregulator of central metabolism, Nucleic Acids Res, 38(19):6620-36

Naville M and Gautheret D, (2010), Premature terminator analysis sheds light on a hidden world of bacterial transcriptional attenuation, Genome Biol, 11(9):R97

Naville M and Gautheret D, (2010), Transcription attenuation in bacteria : theme and variations, Brief Funct Genomic Proteomic, 9(2):178-89

Marchais A, Bohn C, Bouloc P and Gautheret D, (2010), RsaOG, a new Staphylococcal family of highly transcribed non-coding RNA, RNA Biology, 7(2):116-9

Ghosh Z, Mallick B, Gautheret D, Malhotra P and Sachidanandam R, (2009), Regulatory RNomics and gene expression, J Biomed Biotechnol 2009 : 691286

Marchais A, Naville M, Bohn C, Bouloc P and Gautheret D, (2009), Single-Pass Classification of all Non-Coding Sequences in a Bacterial Genome Using Phylogenetic Profiles, Genome Res, 19(6):1084-92

Chen C, Ara T and Gautheret D, (2009), Using Alu Elements as Polyadenylation Sites : A Case of Retroposon Exaptation, Mol Biol Evol, 26(2):327-34

Koscielny G, Texier VL, Gopalakrishnan C, Kumanduri V, Riethoven JJ, Nardone F, Stanley E, Fallsehr C, Hofmann O, Kull M, Harrington E, Boue S, Eyras E, Plass M, Lopez F, Ritchie W, Moucadel V, Ara T, Pospisil H, Herrmann A, J GR, Guigo R, Bork P, Doeberitz MV, Vilo J, Hide W, Apweiler R, Thanaraj TA and Gautheret D, (2008), ASTD : The Alternative Splicing and Transcript Diversity database, Genomics

Ritchie W, Theodule FX and Gautheret D, (2008), Mireval : a web tool for simple microRNA prediction in genome sequences, Bioinformatics 11 : 1394-6

Ritchie W, Granjeaud S, Puthier D and Gautheret D, (2008), Entropy measures quantify global splicing disorders in cancer, PLoS Comput Biol 4(3) : e1000011

Moucadel V, Lopez F, Ara T, Benech P and Gautheret D, (2007), Beyond the 3’ end : experimental validation of extended transcript isoforms, Nucleic Acids Res 35(6) : 1947-57

Ritchie W, Legendre M, Gautheret D, (2007), RNA stem-loops : to be or not to be cleaved by RNAse III, RNA, 13 (4) : 457-62

Lopez F, Granjeaud S, Ara T, Ghattas B, Gautheret D, (2006), The disparate nature of “intergenic” polyadenylation sites, RNA 12 : 1794-1801