Institut de Génétique et Microbiologie
UMR 8621

Animateur : Michael DUBOW

Objectifs principaux

L’axe s’intéresse principalement aux mécanismes de résistance, d’adaptation et d’évolution de microorganismes pathogènes. Différents aspects sont abordés : les biofilms, les bactériophages et leur coévolution avec les bactéries, les résistances aux antibiotiques, l’adaptation aux biocides, l’adaptation à l’hôte de pathogènes opportunistes commensaux ou environnementaux, l’étude de l’adaptation structurale des lipopolysaccharides et de leurs rôles dans les interactions hôte-pathogènes (maladies infectieuses et métaboliques), la recherche de cibles potentielles pour de nouveaux antituberculeux, le rôle des mécanismes de régulation dans la virulence.
Grâce au développement de technologies d’analyse des génomes à haut débit permettant la caractérisation de locus CRISPRs, le typage de mutations ponctuelles, l’exploitation de polymorphismes de taille, la mise en évidence de voies métaboliques nouvelles, l’identification d’ARNs régulateurs etc.., les équipes impliquées ont une connaissance large des populations de microorganismes concernées. Des stratégies nouvelles de lutte contre les infections bactériennes sont développées.

 Équipes dont cet axe est l’axe de rattachement principal :

• Structure et Activités des Endotoxines - Martine CAROFF
• Génomique et Biodiversité Microbienne des Biofilms - Michael DUBOW
• Infection Génétique Évolution des Pathogènes Émergents - Christophe SOLA
• Génomes, Polymorphismes et MiniSatellites - Gilles VERGNAUD

 Équipes dont cet axe est axe de rattachement secondaire :

• Biogénèse et structure de l’enveloppe des Corynebactéries - Christine HOUSSIN (Porteuse de thématique)
• Génomique de Vibrios pathogènes d’invertébrés et petits ARN régulateurs - Annick JACQ (Porteuse de thématique)
• Microbiologie Moléculaire des Actinomycètes - Jean-Luc PERNODET
• Métabolisme énergétique des Streptomyces - Marie-Joëlle VIROLLE
• Structure et Evolution des Chromosomes Fongiques - Cécile FAIRHEAD

Savoir faire

Génotypages (polymorphismes de taille, mutations ponctuelles), études de populations bactériennes et fongiques (levures commensales et pathogènes opportunistes), utilisation de données de séquençage nouvelle génération, isolement, assemblage et annotation des génomes de bactériophages, de bactéries et de levures, métagénomique d’échantillons environnementaux, RNA-seq.
Extraction, purification, analyse structurale et biologique des composés d’enveloppe, et plus particulièrement de types glycolipidiques.

 Outils et bases de données

http://minisatellites.u-psud.fr/GPMS la base de données des répétitions en tandem de microorganismes
http://mlva.u-psud.fr la base de données de typages de pathogènes
http://crispr.u-psud.fr la base de données des CRISPRs

 Mots-clés

diversité génétique, adaptation, évolution moléculaire, bactéries, bactériophages, biofilms, mycobactéries, corynebactéries, levures, zoonoses, infections nosocomiales, santé publique, tuberculose, coqueluche, maladies émergentes, pathogènes opportunistes, multi-résistance, diagnostic rapide, haut-débit, détection de SNPs, approches métagénomiques, épidémiologie moléculaire, CRISPR, paléoépidémiologie, bioinformatique, génomique comparée et fonctionnelle, séquençage nouvelle génération, RNA-seq, pharmacogénomique, endotoxines, immunologie, phagothérapie, acides mycoliques, enveloppe bactérienne

Synthèse

Axe n° 6 : Bactéries Pathogènes Émergentes et Stratégies de lutte

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Animateur : Michael DUBOW

Enseignant chercheur - Responsable d’équipe Équipe : Génomique et Biodiversité microbienne des biofilms Tél : 01 69 15 46 12 Email : michael.dubow(AT)igmors.u-psud.fr Bât. 409, Pièce n°213