Présentation de l’IGM
La plateforme eBio est la plateforme de Bioinformatique de l’Université Paris Sud 11 et constitue l’un des huit nœuds du centre de Bioinformatique de la région Ile de France, Aplibio.
Elle comprend un site à l’IGM (Institut de Génétique et Microbiologie, campus d’Orsay) et un site à l’Institut de Recherche en Cancérologie Intégrée sur le campus de Villejuif. Les autres laboratoires participants sont le LRI (Laboratoire de Recherche en Informatique), l’INRA Ferme du Moulon, le CGM (Centre de Génétique Moléculaire) et l’Hôpital Paul Brousse.
La plateforme eBio a pour mission d’offrir l’accès aux nombreuses bases de données et outils bioinformatiques développés dans les laboratoires du campus de l’Université Paris-Sud. Ces ressources incluent des bases de données d’analyses concernant des génomes bactériens et végétaux, ainsi que des logiciels permettant des analyses variées de structure/fonction des ARNs et de phylogénie moléculaire.
La plateforme propose également son expertise dans l’analyse des données de séquençage à haut débit, ou NGS (Next Generation Sequencing). Elle est impliquée dans des projets NGS depuis la description de l’expérience jusqu’à l’analyse des résultats et des interprétations biologiques. Elle prend en charge le développement de pipelines d’outils et d’interfaces permettant aux biologistes l’exploitation des calculs issus des NGS.
Domaines de compétences NGS
Reséquencage de génomes et recherche de polymorphismes (Single Nucleotide Polymorphism, insertion-délétion etc…)
Assemblage de novo de génomes
Small RNA-seq, mRNA-seq
Ribosome profiling
ARN non codants, détection de variants d’épissage à partir de RNA-seq
Expression différencielle de gene
Membres de la plateforme
Christine DREVET, Ingénieur, Université Paris-Sud 11
Claire WALLON, Ingénieur, Université Paris-Sud 11
Vladimir DARIC, Ingénieur, CNRS
Ancien Membre
Claire KUCHLY, Ingénieur, maintenant à l’INRA, Toulouse
Contact : Daniel Gautheret