Présentation de l’IGM
Équipe de Phillipe BOULOC
Thématique portée par Annick JACQ, Chargée de Recherche - CNRS
Participants au thème
Ngoc An NGUYEN : doctorant
PROJETS
Dans le cadre de ce thème, nous nous intéressons aux mécanismes de virulence chez plusieurs Vibrios responsables de maladies dans des espèces d’intérêt acquacole : huîtres, crevettes de Nouvelle-Calédonie, palourdes, ormeaux. Plus spécifiquement, nous étudions le rôle que les petits ARN régulateurs peuvent jouer dans la virulence, en relation avec l’adaptation à l’environnement et à l’hôte.
- La Maladie de l’Anneau Brun chez la palourde Ruditapes philippinarum
Les Vibrios constituent une famile de bactéries gram négative ubiquitaires dans les environnements marins, où les trouvent aussi bien sous forme planctoniques qu’associés sous formes de biofilms à la carapace chitineuse des crustacés, ou en interactions variées avec leurs hôtes, interactions allant de la symbiose à la virulence. Si quelques vibrios sont pathogènes de l’homme, tel que V. cholerae, la majorité des pathogènes affectent les poissons ou les coquillages. Les Vibrios sont certainement les plus importants pathogènes bactériens des invertébrés marins.
Notre équipe participe au consortium visant au séquençage et à l’annotation de trois Vibrio pathogènes de la palourde (V. tapetis) de l’huître creuse (V. aesturianus) et de la crevette (V. nigripulchritudo), en collaboration avec le Génoscope, Didier Mazel à l’Institut Pasteur, Frédérique Le Roux et Jean-Louis Nicolas à l’Ifremer et Christine Paillard à l’Université de Bretagne Occidentale, Brest (Projet VibrioScope). Un de nos objectifs est d’utiliser la génomique comparative pour mieux comprendre l’émergence de la virulence en réponse aux contraintes de l’environnement et de l’adaptation à l’hôte.
Ces approches de génomique comparative in silico sont complétées par une approche de génomique fonctionnelle (mutagénèse, analyse phénotypique), en particulier chez V. tapetis, responsable de la Maladie de l’Anneau Brun chez la palourde Ruditapes philippinarum, en collaboration avec Christine Paillard.
- V. tapetis exprimant la GFP
Adaptant des outils génétiques développés par nos collaborateurs, nous avons ainsi pu démontrer le rôle de la chaperon membranaire DjlA dans la virulence chez V. tapetis. Récemment, nous avons déterminé la séquence d’un large plasmide présent chez cette bactérie et explorer ses relations avec le panplasmidome des Vibrionacae.
Au cours des dix dernières années, de nombreux travaux sont venus illuster l’importance des petits ARN régulateurs dans l’adaptation à l’environnement et à l’hôte. Chez V. cholerae, des petis ARN, conservés chez tous les Vibrios, comme Qrr et CsrB, jouent un rôle particulièrement important dans le contrôle de l’expression des gènes de virulence en réponse au quorum sensing.
Les méthodes de séquençage à haut-débit, telles que les RNA-seq, sont des méthodes particulièrement adaptées pour la découverte expérimentale de petits ARN régulateurs. Par exemple, les RNA-seq que nous réalisons par Illumina/Solexa grâce à la plate-forme Imagif , afin d’explorer le répertoire complet des petits ARN régulateurs des Vibrios, permettent d’obtenir jusqu’à 40 millions de séquences en une seule expérience.
Les résultats, analysés en collaboration avec l’équipe de Daniel Gautheret à l’IGM, permettent d’explorer le répertoire des petits ARN spécifiques des Vibrios pathogènes d’invertébrés. L’analyse fonctionnelle des petits ARN de V. splendidus est réalisée en collaboration avec Frédérique Le Roux (SBM, Roscoff).
Publications récentes
Toffano-Nioche C*, Nguyen AN*, Kuchly K, Ott A, Gautheret D, Bouloc P and Jacq A (2012), Transcriptomic profiling of the oyster pathogen Vibrio splendidus opens a window on the evolutionary dynamics of the small RNA repertoire in the Vibrio genus. RNA journal, In press
Erauso G, Lakhal F, Adeline Bidault-Toffin A, Le Chevalier P, Bouloc P, Paillard C and Jacq A, (2011), Evidence for the Role of Horizontal Transfer in Generating pVT1, a Large Mosaic Conjugative Plasmid from the Clam Pathogen, Vibrio tapetis, PLoS ONE 6(2) : e16759
Bohn C, Rigoulay C, Chabelskaya S, Sharma CM, Marchais A, Skorski P, Borezee-Durant E, Barbet R, Jacquet E, Jacq A, Gautheret D, Felden B, Vogel J and Bouloc P, (2010), Experimental discovery of small RNAs in Staphylococcus aureus reveals a riboregulator of central metabolism, Nucleic Acids Res 38(19):6620-36
Bury-Mone S, Nomane Y, Reymond N, Barbet R, Jacquet E, Imbeaud S, Jacq A and Bouloc P, (2009), Global analysis of extracytoplasmic stress signaling in Escherichia coli, PLoS Genet 5(9) : e1000651
Lakhal F, Bury-Mone S, Nomane Y, Le Goic N, Paillard C and Jacq A, (2008), DjlA, a membrane-anchored DnaJ-like protein, is required for cytotoxicity of clam pathogen Vibrio tapetis to hemocytes, Appl Environ Microbiol 74(18) : 5750-8
Naseem R, Holland IB, Jacq A, Wann KT and Campbell AK, (2008), pH and monovalent cations regulate cytosolic free Ca(2+) in E. coli, Biochim Biophys Acta 1778 : 1415-1422
Andersen C.L., Holland I.B., Jacq A, (2006), Verapamil, a Ca2+ channel inhibitor acts as a local anesthetic and induces the sigma E dependent extra-cytoplasmic stress response in E. coli, Biochimica et Biophysica Acta 1758 : 1587-1795
Castanié-Cornet MP, Cam K, Jacq A, (2006), RcsF is an outer membrane lipoprotein involved in the RcsCDB phosphorelay signaling pathway in Escherichia coli, J Bacteriol. 188 : 4264-4270
Rami A, Toutain C, Jacq A, (2005), Increased level of the alternative sigma factor RpoS partially suppresses the drug hypersensitivity associated with the inactivation fo the multidrug resistance pump AcrAB in Escherichia coli, Research in Microbiology 156 : 356-360
Coordonnées de Annick JACQ
Contact
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