Séminaire
Les modèles d’évolution des génomes : l’existant et ses améliorations possibles
lundi 26 mars 2012 - 14:00-16:00
Christophe GUYEUX
Maître de Conférences en Informatique, Agrégé de Mathématiques FEMTO-ST, UMR 6174 CNRS Département d'Informatique des Systèmes Complexes (DISC) UFR ST - Université de Franche-Comté - Besançon
Lieu : Salle de Conférences Pierre Schaeffer Bâtiment 409
Résumé :
Les modèles d’évolution des génomes se développent petit à petit depuis les années 1960. Le nombre sans cesse croissant de génomes séquencés, et l’existence nouvelle de nombreuses séquences anciennes auraient dû accélérer le développement et l’utilisation de ces modèles. Cependant, même à l’heure actuelle, les modèles les plus poussés ne prennent en compte que les mutations de nucléotides, et nécessitent des hypothèses fortes incompatibles avec le monde réel. Au sein de notre équipe, nous reprenons ces travaux, et tentons d’alléger ces hypothèses irréalistes. De plus, nous sommes entrain de modéliser les autres changements intervenants dans les génomes au cours du temps : indels, réarrangements chromosomiques (inversions, translocations, etc.), et modifications spécifiques des répétitions (duplication segmentaires, transpositions d’éléments transposables, et répétitions en tandem). Notre objectif est d’arriver à terme à un simulateur d’évolution de génomes, proposant différents scénarii d’évolution avec leurs probabilités d’occurrence. Le but de cette présentation est de faire le
point sur les différents modèles existants, de présenter nos derniers travaux dans ce domaine, et la feuille de route et les verrous se présentant sur notre chemin pour obtenir ce simulateur.
Contact : Gilles Vergnaud
