Institut de Génétique et Microbiologie
UMR 8621

 Séminaire

De la détection bactérienne basée sur les gènes de pathogénicité au génotypage de souches bactériennes basé sur les locus CRISPRs
mardi 20 décembre 2011 - 12:00-13:30

Dr Julien GARDÈS
Laboratoire de Biologie Virtuelle CNRS UMR 6543 - Institut de Biologie du Développement et du Cancer Université Nice - Sophia Antipolis - Centre de Biochimie - Nice

Lieu : Salle de conférence, bâtiment 400.

Depuis les années 2000, la détection des organismes pathogènes subit une transition technologique : les méthodes moléculaires (e.g. la PCR), plus rapides et plus précises, sont en train de remplacer progressivement les méthodes traditionnelles de cultures cellulaires et de tests biochimiques. Néanmoins, la sensibilité et la spécificité de la PCR sont tributaires de la bonne conception des amorces. On admet généralement que ces amorces sont « bonnes » si leur température d’hybridation est supérieure à 50°C, et qu’elles s’hybrident spécifiquement à tous les allèles connus du gène et de l’espèce cibles. A travers un exemple, nous verrons quelle est la proportion de bonnes amorces dans la littérature scientifique. Nous verrons ensuite dans quelle mesure notre méthode d’exploration automatique de données est applicable au génotypage utilisant les CRISPRs.

Contact : Gilles VERGNAUD